Un relieve y un substrato geológico diverso, que abarca zonas de montaña y media montaña, espacios llanos y áreas de vega, posibilitan la amplia variedad de ecosistemas y recursos naturales presentes en la Mancomunidad Alto Jarama-Atazar.

En el municipio de El Atazar se localizan las mayores altitudes, alcanzándose los 1.539 metros en el cerro de Somosierra, disminuyendo progresivamente hacia el sur hasta las cotas más bajas de la vega de Torremocha del Jarama, en torno a los 700 metros sobre el nivel del mar.

 El substrato geológico incluye materiales metamórficos como pizarra y gneis, materiales de origen sedimentario como calizas y margas y áreas de acumulación de materiales cuaternarios en los fondos de valles y vegas. Sobre este substrato encontramos espectaculares formaciones acarcavadas, “Las Cárcavas” (Patones), formaciones cársticas de gran interés como la Cueva del Reguerillo, magníficos ejemplos de pliegues y cañones calcáreos de paredes verticales como el paraje de quebraduras de piedras aisladas, a poca distancia entre sí, que se elevan a gran altitud “Los Quebraones” o “Los Taberneros”, con cortes en las tierras calizas de El Vellón, y amplias zonas llanas transformadas en fértiles vegas agrarias gracias a la presencia de la abundante agua que transporta su extensa red hidrológica.                                                                                     

El curso de numerosos arroyos y ríos como el Jarama, el Lozoya, el Riato, S. Vicente, Malacuera o S. Román que a su paso por nuestro territorio todavía discurren limpios, supone una gran riqueza hidrológica sustentadora de la agricultura de vega y abastecedora de agua potable a la ciudad de Madrid y su área metropolitana. En la Vega del Jarama a su paso por las poblaciones de Torremocha, Patones y El Vellón, contrasta la vegetación de bello arbolado de rivera con chopos, fresnos, álamos negros y blancos y parra, con los paisajes de campos de cultivo, de vid, olivo y cereales que se extienden por todo el valle, salpicados de moreras y acacias, por sus praderas y tierras de pastos. Una riqueza que incluye, además, la espectacular lámina de agua del embalse del Atazar, donde vierten sus aguas el río Lozoya y el Riato, que en su desembocadura forma un especial entorno que asemeja a un “fiordo”, donde se han repoblado sus laderas para frenar la erosión con Pino Resinero y Pino Silvestre. El embalse genera numerosos ecosistemas, soporta una fauna rica y diversa, y facilita la práctica de numerosas actividades recreativas y deportivas. La vegetación incluye especies forestales como el arce, el roble, el quejigo, el fresno, el alcornoque, la encina, el álamo, el serval de los cazadores, el saúco, el enebro, la sabina, especies arbustivas como la jara y la retama y una amplia variedad de especies aromáticas y  herbáceas. Esta diversidad vegetal favorece la presencia de especies animales que encuentran en el territorio un hábitat propicio. 

El término de El Atazar está incluido en la Reserva Nacional del Sonsaz, espacio cinegético que contiene una amplia diversidad de flora y fauna entre la que destacan mamíferos y aves como: corzo, jabalí, zorro, gineta, nutria, garza real, ánade real, gavilán y águila culebrera, reptiles como: las culebras de collar y hocicuda o bastarda, el lagarto común y la salamanquesa, una amplia variedad de coleópteros y de otros invertebrados y peces como: el barbo, la boga, la trucha y el lucio. Muchas de estas especies, junto a otras como el buitre, el alcotán, la perdiz roja, la codorniz, el conejo y la liebre se encuentran en el resto de municipios.

Como resultado de la acción del hombre a lo largo de siglos de ocupación del territorio, además de paisajes naturales, sobresalen, una amplia gama de paisajes agrarios, como en la zona de campiña de Redueña, donde descubrimos la belleza geométrica de los campos roturados y el colorido que proporcionan las rojizas arcillas y los verdes sembrados. En primavera la campiña queda rodeada de arbustos que dan color a sus laderas: flores blancas, de la jara, el majuelo y el romero en flor, el lila del cantueso y la lavanda, y los rosas del terebinto o cornicabra.